答案1：论文查重软件在学术研究机构中的普及情况逐渐增加。随着学术界对学术诚信的重视以及科研竞争的日益激烈，越来越多的学术研究机构开始使用论文查重软件来检测学术论文的原创性和重复率。论文查重软件可以帮助学术研究机构发现抄袭行为，提高学术诚信，保护学术研究的权益。同时，论文查重软件还可以帮助学术研究机构提高科研质量，减少重复研究，推动学术进步。因此，论文查重软件在学术研究机构中的普及情况具有积极意义。

答案2：尽管论文查重软件在学术研究机构中的普及情况有所增加，但仍存在一些挑战和限制。首先，一些学术研究机构可能对论文查重软件的使用存在抵触情绪，认为这是对学术自由的限制。其次，一些学术研究机构可能缺乏足够的技术支持和人力资源来使用和管理论文查重软件。此外，论文查重软件的准确性和公正性也是学术研究机构关注的问题。因此，学术研究机构在推广和使用论文查重软件时需要克服这些挑战，并确保其合理、公正、准确地使用。